Accanto al Duomo sorge l'elegante Municipio, in parte ricostruito ed ampliato dopo l'incendio del 1930, che porta sulla facciata i Leoni di San Marco, gli antichi stemmi delle piu' importanti famiglie nobili di Muggia e dei piu' rappresentativi podesta' veneti presenti nella cittadina.

Il Duomo dedicato ai Santi Giovanni e Paolo: la chiesa, costruita sui resti di un edificio sacro precedente, venne consacrata dal Vescovo di Trieste Arlongo dei Visgoni (Harlongus von Voitsperg) il 29 dicembre 1263. L'edificio d'impianto romanico venne arricchito, alla meta' del sec. XV, con il rivestimento della facciata in lastre di pietra bianca; si creo' cosi' un prezioso esempio di stile gotico-veneziano. La facciata porta nella parte superiore un magnifico rosone con al centro l'immagine della Madonna con il Bambino contornato da tre epigrafi. Quella di sinistra ricorda l'impegnativo restauro del 1865, quella sopra l'inizio dei lavori della facciata sotto il Vescovo Nicolo' (appartenente forse alla famiglia degli Aldegardi) mentre quella di destra menziona il podesta' Pietro Dandolo (1466-1467), che segui' il completamento dell'opera. Nella parte bassa, due eleganti e slanciate finestre gotiche affiancano il portale, cui e' sovrapposto un lunettone ad arco inflesso, nel cui interno e' situata in alto rilievo un'originale rappresentazione della SS. Trinita' adorata dai Santi Giovanni e Paolo. L'interno, diviso in tre navate, e' stato riportato all'essenzialita' alla fine degli anni Trenta (sec. XX), dopo i consolidamenti, i restauri e l'asportazione degli altari barocchi laterali. Si puo' osservare un frammento dell'eccezionale affresco del sec. XIV, che in antico occupava la navata centrale. Lungo le pareti alcuni dei fanali processionali dei secoli XVIII e XIX appartenenti alle antiche confraternite.

La chiesa di San Francesco, quasi completamente rifatta nel 1411, e' un interessante esempio di gotico-francescano; essa conserva delle preziose testimonianze storiche come le pietre tombali con stemma, dei secoli XVI e XVII, che ricordano le antiche famiglie patrizie di Muggia, due importanti tele raffiguranti la Madonna della cintura (sec. XVII) del pittore veneziano G. Liberti e la Madonna allattante (sec. XIV) ed uno studiato esempio di Vesperbild del sec. XV. Fino alla venuta napoleonica vi era annesso un convento, in seguito abbandonato, sui cui resti e' stata edificata la nuova casa parrocchiale inaugurata nel 1964. La testuggine medioevale era circondata da mura, in parte ancora visibili; dell'originaria struttura difensiva rimane solo una torre e due porte: quella settentrionale e quella orientale.

A est del centro di Muggia sta il colle di Muggia Vecchia. L’antico borgo medievale venne gradualmente abbandonato a favore del nuovo insediamento a mare, l’attuale Muggia, racchiuso dalle mura e dominato dal castello.

Parco archeologico

In seguito alle recenti campagne di scavo sulla collina di Muggia Vecchia e' stato allestito un Parco archeologico con percorsi arricchiti da pannelli didattici, che permettono al visitatore di ricostruire la storia di questo antico borgo fortificato medioevale, unico nel suo genere.

Basilica di Santa Maria Assunta

Salendo per pochi chilometri lungo il colle a sud-ovest dal centro di Muggia si arriva alla basilica romanica di Santa Maria Assunta, da cui si puo' godere di una splendida vista sul Vallone di Muggia e la dirimpettaia Trieste. L'antico edificio di culto e' quanto rimane del Castrum Muglae; consolidata e rimaneggiata nei secoli, essa e' costruita in arenaria locale con l'interno diviso in tre navate.

Sovrasta Muggia il castello trecentesco, una fortezza fatta costruire dal Patriarca Marquardo per tener d'occhio i turbolenti muggesani dopo che il partito filoveneto, capeggiato da Raffaele di Ser Steno, si appropio' con la forza della cittadina per due anni (dal novembre del 1372 al novembre del 1374). La costruzione del castello, rimaneggiato nel corso dei secoli, inizio' nel 1375 e termino' nel 1399. Acquistato nel 1991, i nuovi proprietari l'hanno sapientemente restaurato e portato agli antichi splendori.